계약서 보관 기간, 깜빡하면 과태료? 2025년 최신 총정리 가이드

계약서 보관과 관련된 모든 것을 알려드립니다.

서랍과 창고에 쌓여가는 계약서, 언제까지 보관해야 할지 막막하신가요? 계약서를 보관하는 것은 단순한 서류 정리 문제를 넘어, 법적 리스크로 이어질 수 있는 중요한 의무입니다.

이번 글에서는 2025년 최신 법령을 기준으로 계약서 보관 기간에 대한 모든 것을 정리하고, 안전하고 효율적인 관리 방안을 알려드리겠습니다.

"이 서류, 버려도 되나?" 모든 담당자가 한 번쯤 해보는 고민

매일같이 체결되는 수많은 계약서들. 근로계약서, 공급계약서, 용역계약서 등 종류도 다양합니다. 처음에는 잘 정리하는 것 같지만 시간이 지날수록 책상 서랍과 사무실 캐비닛, 심지어 창고까지 점령하며 골칫거리로 전락하곤 합니다. 언제까지 보관해야 할지, 어떤 것을 버려도 될지 막막함에 한숨 쉬어본 경험, 다들 한 번쯤 있지 않으신가요?

계약서 보관은 단순히 서류를 정리하는 차원의 업무가 아닙니다. 이는 상법, 근로기준법, 국세기본법 등 여러 법률에 명시된 '법적 의무'입니다. 정해진 보관 기간을 준수하지 않을 경우 과태료 부과 등 불이익이 발생할 수 있으며, 잘 보관된 계약서는 잠재적인 법적 분쟁에서 기업을 보호하는 핵심적인 방어 수단이 되기도 합니다.

계약서 보관 기간, 왜 법으로 정해져 있을까요?

법으로 계약서 보관 기간을 정해둔 이유는 회사 운영의 투명성을 높이고 구성원의 권리를 지키기 위해서입니다.

법적 분쟁 발생 시 핵심 증거자료 확보

계약서는 당사자 간의 권리와 의무를 명시한 가장 객관적이고 강력한 증거입니다. 대금 미지급, 계약 불이행 등 다양한 법적 분쟁이 발생했을 때, 잘 보관된 계약서는 시시비비를 가리는 결정적인 역할을 합니다. 만약 계약서가 없다면, 정당한 주장을 입증하기 매우 어려워집니다.

기업 활동의 투명성 및 회계 신뢰도 증명

세무조사나 외부 감사를 받을 때, 계약서는 기업 활동의 정당성과 회계 처리의 투명성을 증명하는 자료가 됩니다. 모든 거래가 계약에 근거하여 적법하게 이루어졌음을 보여줌으로써 기업의 재무제표 및 세무 현황에 대한 신뢰도를 높일 수 있습니다.

노동자의 권리 보호

근로계약서는 임금, 근로시간, 휴가 등 노동자의 기본적인 권리를 명시한 문서입니다. 부당해고나 임금체불 등의 문제가 발생했을 때, 근로계약서는 노동자가 자신의 권리를 주장하고 법적으로 보호받을 수 있는 핵심 근거가 됩니다. 따라서 기업은 근로계약서를 보관하여 노동자의 권익을 보호할 의무와 책임이 있습니다.

만약 계약서 보관 의무를 어기면 어떤 불이익이 있나요?

계약서 보관 의무를 위반하면 관련 법령에 따라 직접적인 과태료가 부과될 수 있으며, 간접적으로는 법적 분쟁에서 증거 부족으로 인해 패소할 가능성이 높아집니다.

대표적으로 근로기준법 제116조에 따라, 근로계약서 등 노동 관계 중요 서류를 보존하지 않은 경우 500만 원 이하의 과태료가 부과될 수 있습니다. 또한, 부가가치세법에 따라 세금계산서합계표 등 주요 서류를 제출하지 않은 경우 가산세가 부과되는 등 각 법령은 보관 의무 위반에 대한 명확한 제재 규정을 두고 있습니다. (출처)

과태료보다 더 큰 문제는 소송에서의 불리함입니다. 분쟁 발생 시, 계약의 내용을 주장하는 쪽에서 그 존재와 내용을 입증해야 할 책임이 있습니다. 만약 계약서를 분실했다면, 우리에게 유리한 계약 조건을 증명할 방법이 사라져 불리한 판결을 받거나 패소할 확률이 높아집니다.

2025년 기준, 법령별 필수 계약서 보관 기간 총정리

복잡하게 느껴지는 계약서 보관 기간, 핵심만 정리하면 다음과 같습니다. 계약의 종류와 성격에 따라 근거 법령과 보관 기간이 다르므로 주의 깊게 확인해야 합니다.

근로기준법 (3년): 근로계약서, 임금대장, 고용/해고/퇴직 관련 서류

근로기준법 제42조에 따르면, 사용자는 근로 관련 서류를 3년간 보관해야 합니다.

주요 서류: 근로계약서, 임금대장, 임금의 결정·지급방법 및 임금계산의 기초에 관한 서류, 고용·해고·퇴직에 관한 서류, 휴가에 관한 서류 등
보관 기간: 3년
계산 기준일: 보관 시작일은 '근로관계가 끝난 날'부터 계산합니다.
예) 2025년 8월 12일에 퇴사한 직원의 서류는 2028년 8월 11일까지 보관해야 합니다.

국세기본법 (5년): 세금계산서, 회계장부 및 관련 증거 서류

국세기본법 제85조에 따르면, 사업자는 모든 거래 증빙을 5년간 보관해야 합니다.

주요 서류: 각 세법에서 규정하는 모든 거래에 관한 장부 및 증거 서류 (세금계산서, 계산서, 신용카드 매출전표 등)
보관 기간: 5년
계산 기준일: '법정신고기한이 지난 날'부터 계산합니다. 예를 들어, 2024년 1기 부가가치세(신고기한 2024년 7월 25일) 관련 서류는 2029년 7월 25일까지 보관해야 합니다.

상법 (10년): 상업장부, 재무제표, 중요 계약서

상법 제 33조에 따르면, 회사의 주요 기록은 10년간 보관해야합니다.

주요 서류: 상업장부(회계장부), 영업에 관한 중요 서류(주요 영업계약서 등)
보관 기간: 10년
계산 기준일: 상업장부는 결산마감일을 기준으로 보관 기간을 계산합니다.

전자계약으로 체결된 계약서 파일로 보관해도 되나요?

결론부터 말씀드리면, 전자계약으로 체결된 계약서도 법적인 효력이 있으며, 전자계약으로 생성된 계약서 파일 형식으로 보관하는 것이 가능합니다.

즉, 전자서명법(제3조)에 따라 전자서명으로 체결한 경우 서명, 서명날인 또는 기명날인으로서의 효력을 가지며, 전자문서 및 전자거래 기본법(제4조 등)에 따라 전자문서를 서면으로 간주하므로, 전자서명 방식으로 생성된 전자계약서 파일의 형태로 보관하는 경우에도 보관을 하고 있는 것으로 볼 수 있습니다.